Fakulteta za farmacijo ima naslednje organizacijske enote: vodstvo fakultete, tajništvo fakultete, katedre in Inštitut za farmacijo.
Vodstvo Fakultete za farmacijo sestavljajo dekan, prodekan za študijsko področje, prodekan za znanstvenoraziskovalno področje in prodekan za mednarodno področje.
Tajništvo fakultete je organizacijska enota, ki skrbi za reševanje organizacijskih, finančno računovodskih in pravnih zadev ter pripravlja strokovne podlage za odločitve vodstva fakultete. Tajništvo vodi tajnik fakultete.
Fakulteta za farmacijo ima šest kateder, ki predstavljajo osnovne organizacijske enote pedagoškega in znanstveno raziskovalnega dela in inštitut za farmacijo, ki izvaja temeljne in razvojne projekte za tekoče potrebe farmacevtske stroke.
Knjižnica Fakultete za farmacijo, ki organizacijsko spada v Tajništvo fakultete, opravlja knjižničarsko, informacijsko in dokumentacijsko dejavnost na področju farmacije in klinične biokemije.
Organi fakultete so dekan, senat, akademski zbor, upravni odbor in študentski svet.
Dekan je strokovni vodja in poslovodni organ, ki vodi, zastopa in predstavlja fakulteto. Senat je najvišji strokovni organ fakultete s področja izobraževanja in znanstveno raziskovalnega dela. Akademski zbor voli člane senata fakultete in senatu predlaga kandidate za dekana. Upravni odbor odloča o zadevah finančne narave. Študentski svet je organ študentov fakultete.