Fakulteta za farmacijo v povezavi z Lekarniško zbornico Slovenije in Ministrstvom za zdravje izvaja specializacije iz naslednjih področij:

1. oblikovanja zdravil, 
2. preizkušanja zdravil, 
3. klinične farmacije, 
4. farmakognozije,
5. lekarniške farmacije,

Več o specializacijah na straneh specializacije FFA & LZS.

Fakulteta za farmacijo v povezavi z Zbornico laboratorijske medicine Slovenije izvaja specializacijo iz medicinske biokemije.
Več o tem na straneh specilizacije FFA & ZLMS.

Fakulteta za farmacijo izvaja tudi del programa evropske specializacije iz radiofarmacije.