Tekočinski kromatograf ultra visoke zmogljivosti sklopljen z masnim spektrometrom visoke ločljivosti (UHPLC-HRMS)
Masni spektrometer visoke ločljivosti Exactive™ Plus Orbitrap Mass Spectrometer
Lokacija: Katedra za farmacevtsko kemijo
Skrbnik: prof. dr. Janez Ilaš
Namembnost:
Aparat za identifikacijo in kvantifikacijo učinkovin, sinteznih produktov, naravnih spojin, peptidov in metabolitov zdravilnih učinkovin v kompleksnih vzorcih
Specifikacije masnega spektrometra Thermo Orbitrap:
1. Model: Exactive™ Plus Orbitrap Mass Spectrometer
- vrsta masnega detektorja: Orbitrap
- območje merjenja m/z: 50-6000 m/z
- masna ločljivost: 140 000 FWHM
- točnost mase: < 1 ppm z interno kalibracijo, < 3 ppm z eksterno kalibracijo,
- ionski izvori
- ESI (Electrospray Ionization) ionski izvor
- APCI (Atmospheric Pressure Chemical Ionization) ionski izvor
2. Specifikacije tekočinskega kromatografa UHPLC Thermo Scientific UltiMate™ 3000
- binarna črpalka z možnostjo delovanja pri tlaku do 1034 bar pri pretokih do 8 mL/min
- hitrost vzorčenja UV-DAD: do 200 Hz.
NMR spektrometer
Lokacija: Katedra za farmacevtsko kemijo
NMR (nuklearna (jedrska) magnetna resonanca) je spektroskopska tehnika, ki nam omogoča vpogled v strukturo spojin. Na osnovi izmerjenih spektrov lahko določimo prostorsko obliko spojin, merimo hitrost kemijskih pretvorb in opazujemo interakcije majhnih molekul z makromolekulami.
- hitrost meritev
-
avtomatizacija
Na FFA razpolagamo z BRUKER AVANCE III 400 MHz spektrometrom:
Čitalec mikrotitrskih plošč in robot za pipetiranje
Lokacija: Katedra za farmacevtsko kemijo
Skrbnik: doc. dr. Martina Hrast
Čitalec Synergy H4 je naprava za spremljanje sprememb vzorcev na mikrotitrskih ploščah. Zaradi hibridne tehnologije združuje dva optična sistema in tako omogoča uporabo filtrov in monokromatorjev. Omogoča detekcijo fluorescence, fluorescenčne polarizacije, časovno zamaknjene fluorescence, luminiscence, in absorbance. Sprejme vse modele plošč z od 1 do 1536 vdolbinicami, poleg tega ima še Take3 ploščo za analizo 2uL vzorcev. Naprava ima tudi dva injektorja, ki omogočata dodajanje reagentov brez odpiranja mizice.
Za lažjo pripravo vzorcev je pri napravi robot Precision XS, ki omogoča avtomatsko pipetiranje na mikrotitrske plošče.
EPR Spektrometer MiniScope MS400
Namizni X-band EPR spektrometer visoke občutljivosti omogoča detekcijo in kvantifikacijo paramagnetnih centrov (radikalov, paramagnetnih ionov kovin prehodnih elementov, defektov v kristalnih rešetkah) v trdnih in tekočih vzorcih (npr. tekočine, raztopine, suspenzije, paste, kri, celice, tkiva, praški, trdne kristalinične spojine). Z dodatno opremo omogoča temperaturni razpon vzorcev med -196 °C in +200 °C. Meja detekcije: 8 × 109 Spinov/0,1 mT.
Pogosta uporaba v farmaciji:
Radikali v materialih (stabilnost) in bioloških sistemih (oksidativni stres, antioksidanti)
Študij bioloških membran z metodo spinskega označevanja
Študij transporta in kinetike (radikalskih) reakcij
Oksimetrija
Spektrofluorometer PerkinElmer LS 55
Lokacija: Katedra za farmacevtsko kemijo
Spektrofluorometer PerkinElmer LS 55 je naprava, ki omogoča natančne meritve fluorescence, fosforescence, kemi- ali bio-luminiscence. Kot vir ekscitacijske svetlobe uporablja pulzno ksenonsko žarnico, kar bistveno zmanjša fotokemični razpad fluoroforjev.
Dodatna oprema pri našem LS 55 predstavlja:
Štiri-mestno držalo kivet omogoča hitro menjavo vzorcev. Poleg tega je držalo za kivete je termostatirano, kar je pogoj za natančne meritve.
Spektrofluorometer je opremljen še z dodatno fotopomnoževalko občutljivo v rdečem območju spektra do 900 nm.
Nano-ITC
Lokacija: Katedra za farmacevtsko kemijo
Izotermalni titracijski kalorimeter (ITC) TA Instruments (Nano ITC)
volumen celice 1 mL
temperaturno območje delovanja od 2 do 80 °C
primeren za delo z razredčenimi raztopinami bioloških molekul
opremljen z napravo za razplinjevanje vzorcev
Masni spektrometer ADVION expression CMSL
Lokacija: Katedra za farmacevtsko kemijo
Skrbnik: prof. dr. Janez Ilaš
Masni spektrometer je namenjen določanju molske mase različnih spojin (sinteznih produktov, naravnih spojin, peptidov, ...).
Masni detektor: enojni kvadrupolni masni detektor (m/z 2000)
Ionski izvori:
ESI (Electrospray Ionization) ionski izvor
APCI (Atmospheric Pressure Chemical Ionization) ionski izvor
ASAP (Atmospheric Solids Analysis Probe) ionski izvor
Aplikacija vzorca:
možnost direktnega injiciranja raztopin
aplikacija vzorcev iz TLC ploščic s silikagelom
priklop na HPLC
aplikacija trdnih vzorcev/reakcijskih zmesi
Računalniška oprema
Supermicro strežnik: 4x dual core AMD Opteron CPUs, 4x 320GB HDD, 16GB RAM, nVidia GeForce 7900 GPU, OS Ubuntu 64bit
Supermicro strežnik: 4x octal core AMD Opteron CPUs, 2x 750GB HDD, 16GB RAM, OS Ubuntu 64bit
OpenEye:
- Filter (filtriranje na osnovi deskriptorjev)
- Omega (generiranje konformacij)
- ROCS (3D iskanje na osnovi strukture liganda)
- FRED (sidranje)
BiosolveIT:
- FlexX (sidranje)
- ReCore (zamenjava fragmentov)
- Ftrees (2D iskanje na osnovi strukture liganda)
Drugo (odprtokodna in akademska orodja)
- KNIME (obdelava podatkov)
- OpenBabel (pretvarjanje med kemijskimi zapisi, filtriranje)
- Modeller (homologno modeliranje)
- VMD/NAMD (vizualizacija, molekulska dinamika)
- GROMACS (molekulska dinamika)
- PyMol (vizualizacija)
- Indigo (pretvarjanje med kemijskimi zapisi, filtriranje, in silico kombinatorna kemija)
- BLAST, FASTA, ClustalW (prileganje in primerjanje sekvenc proteinov)
- UGENE (bioinformatika)