Sekvenator naslednje generacije MiSeq, Illumina

Kontakt:

Doc. dr. Alenka Šmid, mag. farm.

Dostop:

Oprema je dostopna na Fakulteti za farmacijo, Aškerčeva 7, 1000 Ljubljana. Po dogovoru s skrbnikom. Zaradi specifičnosti opreme mora biti skrbnik opreme navzoč ves čas dela na opremi.

Namembnost:

MiSeq je hiter in fleksibilen sekvenator naslednje generacije z visoko zmogljivostjo, ki omogoča hitro sekvenciranje amplikonov, tarčnih regij DNA, tarčnih RNA, 16S rRNA in celotnih genomov bakterij ali virusov.

Opis aparature:

Številni formati pretočnih celic ter več konfiguracij reagentov omogočajo visoko fleksibilnost ter doseganje od 1 Gb do 15 Gb podatkov na zagon. Krmiljenje aparata poteka preko računalnika, ki je integriran v instrument. Pripravljene knjižnice so naložene neposredno na sistem, kjer poteka avtomatsko generiranje gruč oziroma klonalno pomnoževanje posameznih molekul na pretočni celici. Sekvenciranje gruč poteka z uporabo tehnologije »sequencing by synthesis« s patentirano uporabo kemije reverzibilnih terminatorjev. Omogočeno je sekvenciranje v eni ali avtomatsko v obeh smereh (angl. paired end). Pri sekvenciranju v obeh smereh je zaporedje vsakega fragmenta DNA določeno z obeh koncev molekule hkrati, rezultat pa je natančnejša identifikacija sekvence ter natančnejša identifikacija strukturnih sprememb genoma. Reagenti za sekvenciranje so zmešani in napolnjeni v kartuši z RFID čipom, ki omogoča sledljivost porabe reagentov. Sistem omogoča dolžino odčitkov do 300 bp v eni smeri. Sistem omogoča analizo podatkov v oblaku ali lokalno. Programska oprema omogoča načrtovanje zagonov in različne analize podatkov, od primarnih, kot je poimenovanje baz, do sekundarnih analiz, kot so poravnava z referenčno sekvenco, prepoznavanje variant ali de novo analiza. Analizo v oblaku omogoča platforma BaseSpace Sequence Hub in je namenjena shranjevanju in delu z genomskimi podatki, v preprostem in uporabniku prijaznem formatu. Podatki pridobljeni po sekvenciranju se lahko shranijo na oblaku, ter po želji delijo z drugimi uporabniki, kar omogoča sodelovanje na globalnem nivoju.

Cenik:

Cena uporabe znaša      €/uro.

Opremo sofinancirata Republika Slovenija, Ministrstvo za izobraževanje, znanost in šport in Evropska unija iz Evropskega sklada za regionalni razvoj.