logo_new_si

Dinamični vidik vezave ligandov na proteine

Šifra:

J1-8145 

Obdobje:

01. maj 2017 - 30. april 2020

Obseg:

0,11 FTE

Vodja:

Stanislav Gobec

Veda:

1.04 Naravoslovje/Kemija

Sodelujoče RO:

https://cris.cobiss.net/ecris/si/sl/project/12456

Sestava projektne skupine:

https://cris.cobiss.net/ecris/si/sl/project/12456

Vsebina:

https://cris.cobiss.net/ecris/si/sl/project/12456

Opis:

Mnogi procesi, ki so bistveni za žive organizme, vključujejo vezavo ligandov na proteine, pri čemer ligandi preklapljajo proteine med različnimi funkcionalni stanji. Strukture kompleksov ligand-protein z atomsko ločljivostjo predstavljajo osnovo za razumevanje interakcij med ligandi in proteini. Vendar pa postaja jasno, da lahko na mehanizem vezave ligandov na proteine močno vplivajo tudi  dinamični procesi. Zato je za temeljito razumevanje tega mehanizma in njegove funkcionalne vloge v določenem življenjskem procesu potrebna kombinirana strukturno dinamična karakterizacija vezave ligand-protein. Kljub modernemu razvoju biofizikalnih metod in računalniških pristopov za preiskave biomolekularnih sistemov, ostaja karakterizacija dinamičnih procesov zaradi njihove izmuzljive narave zahteven izziv. Cilj tega projekta je detajlna karakterizacija dinamičnih procesov v kompleksih ligand-protein z atomsko ločljivostjo na širokem časovnem območju z uporabo kombiniranega pristopa jedrske magnetne resonance (NMR), vibracijske spektroskopije in simulacij molekulske dinamike (MD). Raziskave bodo obsegale podrobno karakterizacijo proteinske dinamike v kompleksih ligand-protein, vključno z upoštevanjem redko zasedenih visoko energijskih proteinskih stanj. Posebna pozornost bo namenjena karakterizaciji sklopljenih gibanj liganda in proteina in doslej zelo slabo raziskanemu razmerju med notranjo gibljivostjo liganda in njegovo biološko učinkovitostjo. Naši nedavni rezultati so pokazali, da lahko poleg notranje gibljivosti proteinov ti dinamični procesi močno vplivajo na ligand-protein interakcije in so lahko povezani s funkcionalnostjo ligandov. Zmogljivosti NMR spektroskopije za odkrivanje in študij notranje gibljivosti proteinov na časovnem območju od pikosekund do za milisekund so dobro poznane. Na podlagi naše karakterizacije zelo notranje gibljivih dipeptidov v vodnem okolju, smo prepričani, da bo vibracijska spektroskopija pomembno prispevala k NMR študijam s svojo sposobnostjo neposrednega merjenja kratkoživih stanj, predvsem pri karakterizaciji notranje gibljivosti ligandov. Za razumevanje korelacije med posameznimi vrstami gibanj in njihovega vpliva na vezavo ligand-protein, bomo uporabili MD simulacije in razvili računalniška orodja za primerjavo numeričnih rezultatov z eksperimentalnimi podatki. Raziskali bomo vezavo ligandov na Mur ligazo D, več-domenski proteinski  encim, ki odraža konformacijsko dinamiko na širokem območju v času in prostoru. Rezultati teh študij bomo uporabili za načrtovanje bolj aktivnih  inhibitorjev Mur ligaze D, ki jih bomo sintetizirani in biološko ovrednotili. Tako bomo preučili potencial naših rezultatov za tarčno načrtovaje in odkrivanje zdravilnih učinkovin. Splošno uporabo novih znanj bomo ocenili preko študije vezave ligandov na druge proteine, sterol 14α-demetilazo in živčni rastni faktor. Njuna mehanizma aktivacije doslej še nista razložena. Rezultati študij bodo lahko bistveno prispevali k napredku molekularne medicine in bodo zelo pomembni za številna specifična raziskovalna področja, kot so molekularno prepoznavanje, molekularna signalizacija, encimska kataliza, zvitje proteinov, tarčno načrtovanje in odkrivanje zdravilnih učinkovin.

Faze:

https://cris.cobiss.net/ecris/si/sl/project/12456

Bibliografske reference, ki izhajajo neposredno iz izvajanja projekta:

https://cris.cobiss.net/ecris/si/sl/project/12456

Financira:

Raziskovalni projekti so (so)financirani s strani Javne agencije za raziskovalno dejavnost.


escort pendik
deneme bonusu veren siteler
1xbet ladesbet giriş deneme bonusu veren siteler
cigdemdedeogludesignpr.com
istanbul escort esenyurt escort avcılar escort beylikdüzü escort
deneme bonusu veren siteler
Incredible pornstar in Crazy Hardcore, Facial porn video Bhabhi Sex Video at Homemade xxx vidio Indian girl enjoy xxx porn with big cock foreign
Cock Sucking Candie Street Hooker lesbiennes poilues françaises tumblr amatuer chubby
Deneme bonusu veren siteler Deneme bonusu veren siteler
deneme bonusu veren siteler deneme bonusu casino siteleri
deneme bonusu veren siteler
tipobet güncel giriş
bonus veren siteler deneme bonusu veren siteler
deneme bonusu
fixbet onwin starzbet
deneme bonusu veren siteler
deneme bonusu veren siteler
casino siteleri
casino siteleri
sahabet güncel
alanya escort gaziantep escort gaziantep escort gaziantep escort mersin escort
deneme bonusu veren siteler
deneme bonusu veren siteler deneme bonusu veren siteler
bahis siteleri
deneme bonusu veren siteler
streameast
deneme bonusu veren siteler
streameast
verabet royalbet
betmarino
grandpashabet
deneme bonusu
betmarino güncel giriş betmarino güncel giriş betmarino güncel giriş betmarino güncel giriş betmarino güncel giriş