2. stopnja bolonjski študij
V študijske programe druge bolonjske stopnje na FFA se vpisujejo študenti po končani prvi bolonjski stopnji ali po starih visokošolskih študijskih programih ob izpolnjenih vpisnih pogojih, ki so navedeni v predstavitvenih zbornikih za posamezen študijski program. Izjema je študijski program Farmacija, ki združuje prvo in drugo bolonjsko stopnjo in se vanj vpisujejo dijaki in dijakinje po maturi.
Enoviti magistrski študijski program Farmacija 5+0, 300 ECTS, 10 semestrov (5 let: združena prva in druga stopnja)
Predstavitveni zbornik EMŠF (pdf)
Magistrski študijski program Industrijska farmacija, +2, 120 ECTS, 4 semestri (2 leti)
Predstavitveni zbornik IndFarm (pdf)
Magistrski študijski program Laboratorijska biomedicina, +2, 120 ECTS, 4 semestri (2 leti)
Predstavitveni zbornik LBM mag (pdf)