logo_si

Raziskovalna infrastruktura

Amnis ImageStreamX Mk II

 Pretočni citometer s sočasnim zajemom slike Amnis ImageStreamX Mk II Amnis ImageStreamX Mk II slikovni pretočni citometer združuje sodobno pretočno citometrijo z mikroskopijo. Naprava omogoča sočasno zajemanje do 12 slik na dogodek (celico) v treh različnih načinih slikanja: svetlo polje, temno polje in fluorescenca. Kljub hitrosti snemanja do 5000 dogodkov na sekundo, ImageStreamX Mk označujejo visoka ločljivost in visoka občutljivost. Slikovni pretočni citometer je namenjen vsem aplikacijam, ki jih zmore navadni pretočni citometer. Dodana vrednost snemanja vzorev z ImageSteamX Mk II je v vizualizaciji zajetih dogodkov, na osnovi česar z uporabo privzetih in dodatnih mask v programu IDEAS® izberemo primerne dogodke (ustrezna oblika, velikost, singleti, itd.) za nadaljnjo analizo. Z ImageStreamX Mk II citometrom lahko kvalitativno in kvantitativno ovrednotimo morfološke spremembe (oblika, velikost, fragmentacija, itd.), celične procese (mitoza, apoptoza, avtofagija, internalizacija, itd.) ter izražanje, lokalizacijo in kolokalizacijo celičnih označevalcev. Na Katedri za klinično biokemijo ImageSteam Mk II uporabljamo za določanje napovednih označevalcev in študije mehanizmov rezistence raka, analizo interakcij rakavih celic s celicami tumorskega mikrookolja, spremljanje diferenciacije imunskih celic in vrednotenje delovanja novih imunomodulatornih in protirakavih učinkovin.
 Analiza avtofagnega pretoka in proliferacijskega markerja Ki-67 Analiza avtofagnega pretoka in proliferacijskega markerja Ki-67. Kvalitativni (A) in kvantitativni (B) prikaz koncentracijsko odvisnega porasta avtofagnega pretoka pod vplivom spojine X z uporabo reporterske celične linije za avtofagijo THP-1 Difluo. C. Analiza proliferacijskega markerja Ki-67 v celicah kronične limfocitne levkemije. Ki-67 je lociran v jedru B-limfocita (zgoraj) in omogoča identifikacijo celic v telofazi (spodaj).
   
 

Čitalec AID iSPOT (ELR08IFL): EliSpot/FluoroSpot Reader

 Aparat AID iSPOT Aparat AID iSPOT omogoča analizo tako encimskih kot fluorescenčnih kvantitativnih testov EliSpot, s katerimi vrednotimo količine posameznih citokinov, citotoksičnih dejavnikov ali protiteles, ki jih po specifični antigenski stimulaciji (npr. s cepivi)  proizvajajo efektorski kloni imunskih celic (limfocitov T ali B). Na mestu, kjer se nahaja posamezna aktivirana celica, ki izloča npr. merjeni citokin, se ta veže na lovilna protitelesa, pritrjena na dno vdolbinic mikrotitrske plošče. Po dodatku npr. encimsko označenih sekundarnih protiteles in nato še ustreznega substrata, se pojavijo obarvane pike, ki jih preštejemo, poleg tega pa lahko določimo tudi njihove premere oziroma intenzitete. Ti testi so zelo občutljivi, saj lahko z njimi zaznamo že 1 ktivirano celico med 100.000, zato omogočajo zelo realno vrednotenje obsegov antigensko specifičnih odzivov efektorskih imunskih celic na funkcijskem nivoju in vitro.  
 rezultat encimskega testa IFN-γ EliSpot A – negativna kontrola, B – pozitivna kontrola, in C – rezultat encimskega testa IFN-γ EliSpot
   
 

Zamrzovalnik za ultra nizke temperature PHCBi MDF-DU702VH

 Zamrzovalnik za ultra nizke temperature PHCBi MDF-DU702VH Zamrzovalnik za ultra nizke temperature (-86 °C) PHCBi MDF-DU702VH VIP ECO omogoča učinkovito hlajenje z naravnimi ogljikovodiki, ki je okolju prijazno. Zamrzovalnik vsebuje inverterske kompresorje, ki omogočajo najmočnejše hlajenje v različnih pogojih in prispevajo k zmanjšanju porabe energije zamrzovalnika. Ti kompresorji v kombinaciji z ogljikovodikovimi hladilnimi sredstvi zagotavljajo najučinkovitejšo porabo energije in zmanjšujejo oddajanje toplote v okolico. Hkrati zagotavljajo optimalno stabilnost, kakovost zasnove pa zagotavlja zanesljivost, kar je idealno za vzorce, ki so občutljivi na temperaturna nihanja, med njimi tudi biološki vzorci. Inteligentni vmesnik in enostavno spremljanje podatkov olajša dostop do shranjenih vzorcev. Barvni LCD zaslon na dotik omogoča popoln nadzor uporabnika, tudi z rokavicami, medtem ko USB vrata omogočajo prenos zapisanih podatkov v računalnik enostaven in priročen. Pomembne informacije, kot so temperatura zamrzovalnika, čas odpiranja vrat in zgodovina alarma, se beležijo za spremljanje v GLP aplikacijah. Zamrzovalnik Phcbi MDF-DU702VH VIP ECO omogoča učinkovito in prilagodljivo skladiščenje vzorcev, zagotavlja optimalno temperaturno enakomernost in ima povečano  zmogljivost skladiščenja.
   
 

Fazna Plošča za krio-elektronski mikroskop

Na Kemijskem inštitutu je bil dobavljen in prevzet krio presevni elektronski mikroskop Glacios, Thermo Fisher Scientific. Računalniško voden 200 kV elektronski mikroskop omogoča snemanje bioloških in nebioloških vzorcev v krio pogojih (-190ºC). Izvajati je možno analizo posameznega delca, tomografijo in posebnost tega mikroskopa je možnost snemanja sipanja elektronov na mikro kristalih. Mikroskop je opremljen tudi s ti. fazno ploščo Volta (ang. Volta phase plate), ki izboljša kontrast drugače slabo kontrastnih zamrznjenih bioloških vzorcev. Na ta način dobimo več informacij in spodnja meja velikost opazovanih objektov se zniža. Mikroskop je operativen, opravili smo že nekaj krogov izobraževanja iz strani proizvajalca. Sedaj smo na KI samostojni uporabniki mikroskopa, ki lahko tudi izučimo nove uporabnike in pomagamo drugim samostojnim uporabnikom elektronskega mikroskopa. Mikroskop je, po dogovoru, prosto dostopen vsem domačim in tujim raziskovalcem, ki bi želeli uporabiti to opremo. Del raziskav, ki trenutno potekajo na tem mikroskopu, je vezanih na področje virusa in cepiv proti COVID-19.

 

Načrtovana raziskovalna infrastruktura 

  • RAMAN mikroskop z AFM
  • Analiza HPLC z DAD in FLD detektorjem
  • Flex – avtomatizirana validacija spojin
  • Biobanke - za delo s celičnimi kulturami in učinkovinami v aseptičnih pogojih:
    • Dewar krio posode s tekočim dušikom
    • Celični laboratorij
  • Sekventor NGS
  • TDM LC-MS/MS
  • nHPLC-HRMS